"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -o "C:\Users\ale\Desktop\scan%RANDOM%.pdf" -p "samsung" -v

-o = (output) cartella di destinazione
-p = (profilo) nome del profilo creato nel programma
-v = (verbose) visualizza le informazioni durante la scansione

%RANDOM% inserisce un numero casuale in modo che non sovrascrive altri file (numero casuale da 0 and 32767)

oppure per creare un file con data e ora.pdf

creare bat
-----------------
@echo off
set hour=%time:~0,2%
if "%hour:~0,1%" == " " set hour=0%hour:~1,1%
REM echo hour=%hour%
set min=%time:~3,2%
if "%min:~0,1%" == " " set min=0%min:~1,1%
REM echo min=%min%
set secs=%time:~6,2%
if "%secs:~0,1%" == " " set secs=0%secs:~1,1%
REM echo secs=%secs%

set year=%date:~-4%
REM echo year=%year%
set month=%date:~3,2%
if "%month:~0,1%" == " " set month=0%month:~1,1%
REM echo month=%month%
set day=%date:~0,2%
if "%day:~0,1%" == " " set day=0%day:~1,1%
REM echo day=%day%

set Timestamp=%year%-%month%-%day%_%hour%-%min%-%secs%
echo Timestamp=%Timestamp%

"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -o "%UserProfile%\Desktop\scan_%Timestamp%.pdf" -p "samsung" -v
exit

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se si vuole anche il testo ricercabile nel pdf
aggiungere in fondo --enableocr --ocrlang ita
es. 
"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -o "%UserProfile%\Desktop\scan_%Timestamp%.pdf" -p "samsung" -v --enableocr --ocrlang ita

supporto fonte
http://www.naps2.com/doc-command-line.html