### prima installare componente aggiuntivo per importare pdf "normali"
aprire cmd (anche non admin)
"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console" --install generic-import

per importare un pdf e poi esportare in pdf/a
creare file "pdf in pdfa.bat"
###
@ECHO OFF

SET /P sorgente= Trascinare qui il file pdf da convertire e premere INVIO:
for %%F in (%sorgente%) do echo %%~nxF & set filename=%%~nF
REM %%~nxF nomefile+estensione | %%~nF solo nomefile | F è la variabile usata per il for
echo %filename%
REM pause
set destinazione="%UserProfile%\Desktop\%filename%.pdf"
set destinazione2="%UserProfile%\Desktop\%filename%(1).pdf"
if exist %destinazione% (
"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -i %sorgente% -n 0 -o %destinazione2% --pdfcompat A1-b
REM pause
) else (
"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -i %sorgente% -n 0 -o %destinazione% --pdfcompat A1-b
REM pause
)
exit
###

se vi vuole anche con ocr 
"C:\Program Files (x86)\NAPS2\NAPS2.Console.exe" -i "%sorgente%" -o "%destinazione%" --pdfcompat A1-b --enableocr
------
comandi da guida

per importare ed esportare pdf
naps2.console -i "F:\incomplete scan.pdf" -o "F:\complete scan.pdf"

per pdf/a
naps2.console -o "F:\pdfa.pdf" --pdfcompat A1-b

per abilitare ocr
naps2.console -o "F:\scan.pdf" --enableocr

fonte
https://www.naps2.com/doc-command-line.html